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菌和保加利亚乳杆菌，可以产生少量的过氧化氢，过氧化氢可以抑制许多细菌的生长，尤其是革兰氏阴性病原菌。另外有些有益微生物可以产生酶类，如双歧杆菌和乳酸杆菌产生的胞外糖苷酶可以阻止细菌毒素在上皮细胞的黏附和侵入。    

 营养作用 直接饲用微生物饲料中的有益菌在肠道内代谢可产生多种有助于动物营养消化的有益因子，从而促进畜禽的生长发育和增重。如芽孢杆菌能分泌多种消化酶（蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等）促进营养物质的消化与吸收；酵母菌所产生的氨基酸、维生素（K、C、B1、B2、泛酸、烟酸、生物素、肌醇和叶酸等），酵母菌还可以促进植酸酶的产生，提高单胃动物对磷的利用率。  

防止有害物质的产生 由于直接饲用微生物能促进营养物质的消化吸收，因而可减少氨和其它腐败物质的产生。研究表明：饲喂直接饲用微生物饲料可以减少内容物、粪便、门静脉中的氨含量以及肠内容物中的对甲酚、吲哚、3-甲基吲哚等腐败物质的含量，缓解粪便臭味，净化畜禽环境。此外，直接饲用微生物饲料中的有益菌在肠道内能生长形成致密性膜菌群，形成生物屏幕，防止有害物质和废物的吸收。    

提高机体免疫功能 微生物发酵饲料中的有益微生物可以作为一种非特异免疫调节因子，通过细菌本身或细胞壁成分刺激并激活宿主免疫细胞，促进吞噬细胞活力或作为佐剂发挥作用。有益微生物还可以发挥特异性免疫功能，增强动物体内B细胞产生抗体的能力。直接饲用微生物通过促使机体发生体液免疫和细胞免疫，提高畜禽抗体水平，增强免疫功能，及时杀灭侵入机体内的致病菌，从而防止疾病的发生。

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